Tuy ít học, nhưng nhờ thế em gái Bùi Thị Nhạn là Hoàng hậu của vua Quang Trung, cháu ruột Nguyễn Quang Toản được lập làm Thái tử mà Bùi Đắc Tuyên được làm Thị Lang bộ Lễ và được phép vào ra nơi cung cấm.

Năm 1792, vua Quang Trung mất, nhường ngôi lại cho con là Quang Toản (Cảnh Thịnh). Dưới triều vua mới, Đắc Tuyên được cử làm Thái sư, nhờ trước đây ông thường bày nhiều trò chơi để mua lòng Quang Toản. Ở ngôi cao, Đắc Tuyên thường hay chuyên quyền độc đoán, cho nên trong hàng ngũ tướng sĩ Tây Sơn, có nhiều người bất bình với ông.

Theo sách Nhà Tây Sơn thì trong cung đã có Bùi Thái hậu, nơi triều lại có lắm đại thần nghiêng theo chiều gió, như Ngô Văn Sở, Phạm Công Hưng... nên thế lực của Thái sư Tuyên rất vững. Đắc Tuyên mỗi ngày mỗi thêm lộng hành. Những quan nào theo Đắc Tuyên thì được ưu đãi, những quan nào ra mặt chống thì bị hại, những người nào có ý chống thì bị đẩy ra làm quan xa, như:

• Võ Văn Cao, người Phú Yên, làm Quốc Tử Giám trực giảng, được thăng Thái tử Trung doãn đời Quang Trung. Tính cương trực, không chịu nổi thái độ và hành vi của Đắc Tuyên, nhân về cư tang cha mẹ, ở nhà cày ruộng. Võ Văn Cao có làm nhiều bài thơ chê Đắc Tuyên là gian thần, nên Thái sư Tuyên rất giận. Khi Võ Cao chết, Đắc Tuyên bảo là giả chết bắt phá quan tài ra xem, Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng phải can thiệp mới được miễn.
• Trần Long Vỹ, người Hoài Ân, làm Thị lang bộ Lễ, cùng Đắc Tuyên là bạn đồng sự triều Quang Trung. Nhân lúc cao hứng làm một bài thơ Nôm (Huề Mầm Thăng Huề Thượng), ngụ ý châm biếm Ðắc Tuyên, nên bị Thái sư Tuyên tìm cớ cách chức.
• Ðinh Sĩ An, người Bình Khê, thi đậu khoa Minh Kinh, được bổ vào Nội các làm Hàn lâm viện Ðãi chiếu. Vì thường qua lại cùng Trần Long Vỹ nên cũng bị Thái sư Tuyên ghét đuổi về nhà.

Bởi vậy, những người trước kia theo Đắc Tuyên như Ngô Văn Sở, Lê Văn Hưng... cũng không chịu nổi hành vi của Thái sư Tuyên. Nhiều khi họ tỏ thái độ bất bình, bị Đắc Tuyên tìm cơ hội trừ khử.